Une étude publiée dans Nature le 18 juin 2026 révèle que la bactérie Yersinia pestis — l'agent de la peste — décimait des communautés de chasseurs-cueilleursChasseurs-cueilleursMode de vie fondé sur la chasse, la pêche et la collecte de ressources sauvages, sans agriculture ni élevage ; il a dominé presque toute l'histoire humaine.→ sibériens il y a 5 500 ans, bien avant les villes, les rats domestiques et la transmission par les puces. C'est la plus ancienne épidémie documentée génétiquement à ce jour.
Un taux d'infection stupéfiant
L'équipe internationale dirigée par Ruairidh Macleod (université d'Oxford) et le génomicien Eske Willerslev (universités de Copenhague et Cambridge) a séquencé l'ADN ancienADN ancienMatériel génétique conservé dans des vestiges anciens, souvent dégradé, séquencé grâce à des techniques de pointe.→ prélevé dans les dents de 46 individus issus de quatre cimetières néolithiques situés sur les rives de la rivière Angara, au nord-ouest du lac Baïkal en Sibérie : Ust'-Ida I, Bratskii Kamen, Shumilikha et Serovo. Le résultat a pris les chercheurs par surprise : 18 des 46 individus portaient de l'ADNADNMolécule porteuse de l'information génétique, utilisée pour reconstruire les liens de parenté entre espèces.→ de Yersinia pestis, soit un taux de détection de près de 39 % — un chiffre qui dépasse celui relevé dans certains sites de sépultureSépultureDépôt intentionnel d'un défunt, parfois accompagné d'offrandes ; indice de comportements symboliques.→ de la Peste noire médiévale.
« La question de savoir si les premières formes de peste étaient bénignes ou virulentes a longtemps été débattue. Nos résultats montrent que ces souches anciennes étaient déjà hautement létales », déclare Eske Willerslev.
Ces infections ne sont pas des cas isolés : les chercheurs ont identifié deux phases épidémiques distinctes, séparées par plusieurs siècles. La première est datée entre 5 520 et 5 265 ans avant le présent (soit vers 3 500–3 250 av. J.-C.). La seconde, plus tardive, est estimée aux alentours de 5 000 ans avant le présent. L'analyse génomique révèle en outre que ces souches appartiennent à la branche la plus ancienne connue de Yersinia pestis, plus basale que toutes les lignées précédemment identifiées — ce qui repousse l'émergence de la bactérie à au moins 5 700 ans avant le présent.
Des cimetières d'enfants : le premier indice
Une anomalie démographique intriguait les archéologues depuis les années 1990 : deux des quatre cimetières — Ust'-Ida I et Bratskii Kamen — présentaient une proportion anormalement élevée d'enfants et d'adolescents. Entre 65 et 75 % des individus inhumés avaient moins de 15 ans, avec un pic de mortalité entre 7,5 et 11 ans. Rien de tel n'avait été observé dans d'autres cimetières de chasseurs-cueilleurs de la région.
Les datations au carbone 14 ont confirmé que les décès s'étaient produits sur une courte fenêtre temporelle, caractéristique d'une épidémie plutôt que d'une mortalité chronique. Les analyses de parenté génétique ont apporté la preuve la plus saisissante : à Bratskii Kamen, trois jeunes filles âgées de 4 à 9 ans, probablement proches parentes par voie maternelle, portaient toutes de l'ADN de Yersinia pestis. À Ust'-Ida I, la bactérie a été identifiée chez une tante et son neveu inhumés ensemble, ainsi que chez la nièce adolescente de cette même femme, enterrée ailleurs dans le cimetière.
« Le nombre inhabituellement élevé d'enfants et la brièveté de la période représentaient une énigme que nous tentions de résoudre depuis les années 1990 », reconnaît l'archéologue Andrzej Weber (université d'Alberta). « Découvrir que la peste en était la cause est extraordinaire — mais cela a du sens. »
Une bactérie déjà meurtrière, mais autrement armée
Ces souches préhistoriques ne ressemblent pas à l'agent de la Peste noire. Elles ne possèdent pas le gène ymt (Yersinia murine toxin) ni le prophage YpfΦ, deux adaptations génétiques essentielles à la transmission par les puces et les rongeurs commensaux — le mécanisme qui propulsera les grandes pandémies historiques. Comment, alors, la bactérie tuait-elle aussi efficacement des communautés de quelques dizaines de personnes ?
Les chercheurs ont identifié un mécanisme de virulence différent : les souches portaient le gène ypm, qui code pour un superantigène — une toxine capable de déclencher une réaction immunitaire excessive, entraînant une inflammation généralisée souvent mortelle. La variante détectée est la plus proche de la forme ypmA, considérée comme la plus virulente des variants ypm connus, et n'en diffère qu'en trois positions. La portée fonctionnelle de ces différences reste à démontrer par des études expérimentales.
« Même avant que la bactérie développe une transmission efficace par les puces, ces souches anciennes semblent avoir porté une combinaison puissante de facteurs de virulence capables de rendre l'infection hautement létale », souligne Martin Sikora (université de Copenhague). La transmission se faisait vraisemblablement par contact direct avec des animaux infectés ou, entre humains, par voie pneumonique — modes suggérés par les clusters familiaux, mais non encore confirmés par des marqueurs biologiques directs.
Ce que cela change
La découverte contredit l'idée longtemps défendue selon laquelle la peste épidémique était un phénomène lié à la densité de population, réservé aux sociétés agricoles sédentarisées dotées de villes et de marchés. La réalité est plus sombre : des épidémies dévastatrices pouvaient frapper de petits groupes nomades, dès lors que ceux-ci côtoyaient des réservoirs animaux sauvages. La taille de la communauté ne constitue pas un rempart contre la virulence bactérienne.
L'étude replace également Yersinia pestis dans une perspective évolutive inédite. Sa plasticité génétique — sa capacité à combiner des facteurs de virulence variés et à s'adapter à de nouveaux hôtes — était déjà manifeste il y a 5 500 ans, bien avant l'apparition de la transmission par les puces. Les auteurs rappellent que 75 % des nouveaux agents pathogènes humains émergent aujourd'hui de la transmission animale. Le lac Baïkal, il y a 5 500 ans, en offre une préfiguration saisissante.
Passionnant. J'avais jamais vraiment creusé ce sujet. Maintenant je veux aller plus loin.
Merci pour ces dossiers bien écrits. À mon âge, on apprécie les contenus sérieux et sans chichis.
J'avais vu un truc là-dessus sur YouTube mais votre article donne vraiment plus de détails.
Cet article me permet de faire le lien avec mes cours de SVT sur les épidémies et l'évolution des pathogènes. La peste ne date pas du Moyen Age : elle accompagne les sociétés humaines depuis le Néolithique au moins, évoluant en parallèle avec ses hotes. C'est une illustration parfaite de la coévolution hote-pathogène sur le temps long.
La détection de Yersinia pestis dans des populations du Néolithique et de l'Age du Bronze par analyse d'ADN ancien est l'une des découvertes les plus importantes de la paléogénomique récente. Les souches identifiées autour du lac Baïkal pourraient représenter des formes ancestrales avant les adaptations qui ont rendu la bactérie si mortelle lors de la Peste Noire médiévale. Un travail remarquable.